NILSA 1989an sortu zen, Nafarroako Ibaien Saneamendurako Plan Zuzentzailea egiteko tresna gisa. Orduz geroztik, arazte-proiektuak prestatu, instalazioak eraiki, eta haien geroko lanaz eta mantentze-lanaz arduratu da. Kudeaketa publikoaren eredu bat da, gaur egun, saneamendu-kanonaren bidez finantzatzen dena. 2007an, Nafarroako Hondakinen Partzuergoaren gerentzia ere utzi zen haren esku, eta arlo horretan sakontzen ari da gaur egun.