Nafarroako Hondakinen Partzuergoak Nafarroako Gobernua eta Nafarroako hamabost hondakin-mankomunitate biltzen ditu: Iruñerriko Mankomunitatea ez beste guztiak. 2007an sortu zen, eta 2007ko martxoaren 19an onetsi ziren haren estatutuak.
Hona hemen bere gobernu-organoak: Lehendakaritza, Lehendakariordetza eta Zuzendaritza Kontseilua.
Nafarroako Gobernuko Toki Administrazioko kontseilaria da lehendakaria. Une honetan Óscar Chivite Cornago da, Lurralde Kohesiorako kontseilaria.
Lehendakariak izendatzen du lehendakariordea. Hala eta guztiz ere, Partzuergoaren lehen bilkuran, 2007ko maiatzean, adostu zen mankomunitateek txandaka eta ordena alfabetikoari jarraituz proposatuko zutela ordezkari bat, eta horrela izendatzen da lehendakariordea bi urtetik behin.
Zuzendaritza Batzordea da Partzuergoaren organo kolegiatu gorena, eta kide den entitate bakoitzeko ordezkari batek osatuta dago. Toki entitate bakoitzak bere biztanleriaren araberako boto haztatua du, organo horren botoen %50 osatu arte. Nafarroako Gobernuak du gainerako %50a, eta lehendakariarena da kalitate-botoa berdinketa gertatuz gero. Estatutuetan aipatzen dira haren eskumenak: gerentzia, idazkaria eta kontu-hartzailea izendatzea; aurrekontuak onetsi, aldatu eta likidatzea; ordenantzak onestea, eta abar. Zuzendaritza Batzordea gutxienez lau aldiz biltzen da urtean: hiruhilekoan behin.
Honakoak dira Partzuergoaren kudeaketa organoak: batzorde teknikoa, gerentzia, idazkaritza eta kontu-hartzailetza.
Estatutuek espresuki aurreikusten ez badute ere, Hondakinen Partzuergoak batzorde tekniko bat du, Zuzendaritza Kontseiluan erabakitzen diren proposamenak prestatu eta eztabaidatzeaz arduratzen dena. Nafarroako Gobernuko kideek, GAN-NIK sozietate publikoko kideek, Partzuergoaren barnean dauden entitate guztietako kideek, Partzuergoaren Gerentziako kideek (NILSArena da), eta idazkariak eta kontu-hartzaileak osatzen dute.
NILSA sozietate publikoaren esku dago. Honako hauek daude beren eginkizunen artean: Hondakinen Partzuergoko zerbitzuen zuzendaritza, proposamenak eta neurriak prestatzea lehendakaritza eta batzorde teknikoari - Zuzendaritza Kontseiluari, aurrekontuen aurreproiektua egitea, eta abar.
Idazkaritza arduratzen da Zuzendaritza Kontseiluaren saioen aktak idazteaz, adostutako akordioen ziurtagiriak jaulkitzeaz, Partzuergoko organoei lege arloko aholkuak emateaz, eta abarrez.
Kontu-hartzailetzaren eginkizunak dira barne-kontrola eta fiskalizazioa, bai eta ekonomia, finantza, aurrekontu eta kontularitza arloetako aholkularitza eta kudeaketa ere.