NILSA nació en 1989 como instrumento del Plan Director de Saneamiento de los Ríos en Navarra. Desde entonces se ha encargado de la redacción de los proyectos de depuración, la construcción de las instalaciones y su posterior operación y mantenimiento. Se trata de un modelo de gestión público que se financia, en la actualidad, con el canon de saneamiento.