NILSA está compuesta por 35 profesionales organizados bajo la dirección del gerente Andrés Sola Ollo. La dirección técnica, a cargo de Juan García Ganuza, supervisa las áreas de Residuos y Agua, que a su vez cuenta con Gregorio Berrozpe Ullate como responsable de Proyectos y Obras, Roberto Ferrández Lasaosa y Ana Marta Lasheras Añón como responsables de Operación y Mantenimiento para las zonas Norte y Sur, respectivamente.
Directamente de Gerencia depende el departamento de Administración y Finanzas, con Mikel Satrústegui Marturet al frente, y el área de Comunicación, bajo la responsabilidad de Rebeca Echeverría Viguri.