
Cuenca mediterránea.
Nace en los montes de Quinto Real, collado de Urquiaga, y desemboca en el Río Aragón cerca de Funes.
En la cabecera de este río está el pantano de Eugui para el abastecimiento de agua de la comarca de Pamplona y en el río Salado se encuentra el embalse de Alloz, utilizado para el riego y como zona lúdica.
Justo a la entrada de la cuenca de Pamplona, a su paso por Villava, recibe al río Ulzama. En Ibero recibe las aguas del Arakil y en Mendigorría las del río Salado. Se trata del más «navarro» de los grandes ríos, ya que sus 150 km de recorrido recorren Navarra de norte a sur.
El río Arga vierte sus aguas al mediterráneo a través del Ebro. Es un río caudaloso que experimenta crecidas y estiajes debido a la irregularidad de las precipitaciones. La vegetación va variando a lo largo de su recorrido. Los hayedos de su cuenca alta se acompañan de alisos, fresnos y arces al llegar a Eugui para pasar a formar bosques de robles aguas abajo.
A partir de Huarte, se desarrollan las mimbreras y los bosquetes de chopo y sauce blanco, iniciando la transición entre bosque cantábrico y mediterráneo.
El tramo final se utiliza para cultivos de regadío y choperas de repoblación.
En los ríos de la cuenca del Arga podemos encontrar gran diversidad de animales y plantas, algunos de ellos de gran valor ambiental como el martinete, el avetoro o el visón europeo que viven ligados al agua. Su supervivencia depende de un entorno bien conservado.
En cuanto a la calidad del agua, está muy condicionada por el vertedero de Pamplona. Todos los parámetros: físico-químicos, biológicos y la situación de las riberas presentan el mismo esquema: inicialmente tienen una buena calidad que empeora al atravesar Pamplona y se extiende hasta Puente la Reina. A partir de aquí la autodepuración del río y la aportación del Salado consiguen que la calidad vuelva a ser aceptable y se recupera la calidad biológica. En el último tramo vuelve a empeorar llegando a Funes con los peores valores de calidad biológica de todo el río, como consecuencia del encauzamiento y rectificación.
El Arga es el río que más carga de aguas residuales soporta, por lo que la instalación de la red de colectores para la Comarca de Pamplona y la inauguración en 1990 de la depuradora de Arazuri, supuso una mejora muy llamativa en la calidad de las aguas y un resurgir en la vida del río.
Runa fue el nombre dado en la antigüedad al río.